Este repositório contém uma pipeline sendo formada para processar dados in-silico para estudos da doença celíaca. O objetivo é estudarmos os marcadores disponíveis em bases de dados públicas para contribuirmos com uma forma para uma melhor qualidade de vida aos portadores da doença.

Em agosto de 2025, estamos em fase inicial de levantamento de recursos computacionais, ferramentas e estratégias que serão usadas nesse estudo.

Gene	Função	Observação
HLA-DQA1 e HLA-DQB1	Codificam proteínas do MHC classe II, que apresentam peptídeos do glúten às células T	Os alelos DQA1*05 e DQB1*02 (haplótipo DQ2) ou DQB1*03:02 (DQ8) estão presentes em >95% dos pacientes

Gene	Função geral	Papel na DC
IL2 / IL21	Citocinas reguladoras de resposta imune	Reforçam ativação de células T CD4+
SH2B3 (LNK)	Regulação da sinalização celular imune	Relacionado à autoimunidade
CCR9	Receptor de quimiocina intestinal	Homing de linfócitos à mucosa intestinal
TAGAP, REL, TNFAIP3, RGS1	Diversos	Participam da ativação e regulação imune, inflamação e apoptose

Base	Descrição
GEO (Gene Expression Omnibus) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/	Banco de expressão gênica (microarray e RNA-seq) com dados de pacientes
ArrayExpress (EBI) https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress	Similar ao GEO, também contém experimentos transcriptômicos humanos
Human Protein Atlas https://www.proteinatlas.org	Permite ver expressão de genes em tecidos específicos
GTEx https://gtexportal.org	Transcriptoma de tecidos normais (útil como controle)
Human Cell Atlas https://www.humancellatlas.org	Atlas de células humans com link para datasets

GEO ID	Descrição	Plataforma
GSE134900	Transcriptoma de duodeno de pacientes celíacos antes e depois de dieta sem glúten	RNA-seq
GSE72625	Microarray de biópsias de intestino delgado	Microarray
GSE112102	Expressão gênica em linfócitos intraepiteliais	RNA-seq

Complementares	Descrição
AlphaFold Protein Structure Database https://www.alphafold.ebi.ac.uk	Predições de estruturas de proteinas

👥 Equipe

As mentes por traz de BioAIQ:

• @lincolmaguiar – Chief Scientist
• @junepa – Research Scientist