Projekt inspirowany grą FoldIt. Celem jest predykcja koordynatów 3D atomów C_alpha z użyciem sieci MimNet.
- python 3.11
requirements.txtWszystkie wymagane biblioteki można zainstalować poleceniem:
pip install -r requirements.txtPamiętaj, żeby wykonać
export PYTHONPATH=.
Aby rozpocząć trening modelu, użyj:
make train
lub bezpośrednio:
python scripts/train_mimnet.py
Model oraz logi TensorBoard zapisywane są w katalogach checkpoints/ oraz logs/.
Możesz też skorzystać z gotowego modelu w checkpoints/.
Aby przetestować wytrenowany model:
make test
Do wizualizacji wyników możesz użyć:
make plot
W katalogu images będą pojawiać się obrazki.
Aby śledzić postęp treningu:
tensorboard --logdir logs
i otwórz podany adres w przeglądarce.
Omówienie problemu znajduje się w pliku raport.pdf
Projekt został wykonany w ramach kursu Metody Probabilistyczne w Uczeniu Maszynowym na Uniwersytecie Jagiellońskim.